Nel transetto di sinistra riposano le spoglie mortali di Ignazio di Loyola. Esse giacciono in un’urna realizzata da Alessandro Algardi. La tomba è inserita in un contesto monumentale realizzato dal gesuita Andrea Pozzo fra il 1695 e il 1699. In alto vediamo il Padre, il Figlio e lo Spirito Santo che vegliano sul mondo, una grande sfera marmorea interamente ricoperta di lapislazzuli.
Poco sotto possiamo vedere due angeli che sorreggono lo scudo con lo stemma dei gesuiti. La grande nicchia contiene la statua in oro e argento di Sant’Ignazio, rivestito da una preziosa pianeta. La statua è “nascosta” da una tela del Pozzo che raffigura Gesù Cristo nell’atto di donare a Sant’Ignazio il vessillo della Compagnia. Un angelo mostra il libro dei vangeli a quattro personaggi, che rappresentano altrettanti continenti raggiunti dall’opera di evangelizzazione dei gesuiti.
Tutti i giorni alle ore 17.00 è possibile essere spettatori di uno straordinario “gioco” : la pala, attraverso un particolare meccanismo, viene fatta scendere e mostra la statua del santo che viene illuminata, insieme a tutto il resto della chiesa.
Sulla sinistra osserviamo un gruppo scultoreo che simboleggia il trionfo della fede sull’idolatria, opera di G. B. Théodon. La Fede, rappresentata come una donna con il calice e l’ostia, sovrasta un re pagano, al seguito del quale c’è l’idolatria. Sulla destra invece, un altro gruppo scultoreo mostra la fede, una donna con la croce in mano, che sconfigge l’eresia, opera di Pierre Le Gros.
Sia la tela del Pozzo che i due gruppi scultorei mettono in mostra la spiritualità militante di Ignazio e dei suoi figli spirituali che concepiscono la vita come una battaglia, ovviamente combattuta senza armi, per rendere maggior gloria a Dio.
Sopra la composizione del Théodon possiamo vedere una pala marmorea raffigurante l’approvazione della Compagnia di Gesù da parte di Papa Paolo III, mentre sopra quella di Le Gros, un’altra pala marmorea rappresenta Gregorio XV che canonizza Ignazio e Francesco Saverio.
Nel transetto di destra troviamo un’altra opera monumentale, realizzata su disegno di Pietro da Cortona, che accoglie la reliquia del braccio di San Francesco Saverio, collocata proprio sopra l’altare. Il grande quadro che sovrasta l’altare, opera di Carlo Maratta, rappresenta la morte di Francesco Saverio. Il Santo è raffigurato ancora nella spezzatura del timpano curvilineo mentre su una nuvola ascende verso il cielo accompagnato da molti angeli.
La parte alta del transetto è decorata da scene della vita di Francesco Saverio come il battesimo di una principessa pagana e l’episodio nel quale un granchio riporta al Santo un crocifisso che aveva perso nel mare.
